疾控中心实验室排水来源复杂，污水中含有病毒、细菌、化学药剂、有机物等污染物，直接排放对城市环境和市民健康存在潜在隐患，应经污水处理站处理后，方可接入市政污水管网。
污水处理工艺为：化粪池→格栅→调节池→MBR膜生物反应池→氯消毒→排放。
污水处理采用(MBR)膜生物反应器，将传统的活性污泥法与高效膜分离技术相结合，它用具有*结构的浸没式膜组件置于曝气池中，经过好氧曝气和生物处理后的水通过MBR膜组件，由泵通过滤膜过滤后抽出，MBR膜将反应池中的大部分病菌、病毒及有机物等截留下来达到去除效果。
由于污水存在病毒、细菌，污水处理的核心是消毒，设计采用两级强化消毒，首先污水在预消毒池进行预消毒，经过处理后的出水再进行二次消毒，前端预消毒杀死水中大部分致病细菌、病毒，末端消毒进一步强化消毒效果。
污水处理站的化粪池和处理构筑物的污泥，由具有相应资质的单位或部门定期掏取，所有污泥必须经过有效的消毒处理，按医疗废物处理要求进行集中(焚烧)处置。
废水：废水处理的方法是根据废液的性质确定的处理方法的。一般采取的方法有：化学处理方法、物理处理方法、生物处理方法。
由于疾控实验室排放废水里包含大量细菌病毒，而且还有重金属和有机物，成分复杂，所以常常采用絮凝沉淀、生物降解、多重吸附、消毒杀菌、复合过滤为一体的处理模式。
废气：废气处理可采用的方法有：加热灭菌方法、高效过滤器方法、混合灭菌方法、火焰灭菌方法等。
固体废料：固体废料的处理方法有：蒸汽灭菌方法、气体熏蒸方法、液体浸泡方法、辐射灭菌方法、焚烧处理方法等。
